A leur sortie de la station d’épuration, les boues n’ont pas de valeur marchande. Elles constituent un déchet (?) dont il faut assumer les coûts (stockage, transport, traitement…), très variables selon la destination envisagée.
Ces coûts peuvent être élevés et sans contre-partie dans le cas d’une incinération, même si une valorisation énergétique est recherchée.

Ils restent modérés dans le cas de l’épandage agricole : environ 160 F par tonne de boues brutes épandue, soit 1 200 F/t MS.
Ces coûts sont fonction de la taille de la station (voir "En savoir plus" ci-contre), et n'intègrent pas les coûts de traitement en station, communs aux filières d'élimination.